지난 30일 이 청장은 기상청에서 열린 이임식에서 "매일 운동했지만 두 달 전부터 건강이 안 좋아져 잠깐이라도 재충전하는 기간이 필요할 것 같아서 사의를 표명했다"고 밝혔다.
이 청장이 취임 5개월만에 사임한 것과 관련, 195억짜리 다목적 기상 항공기를 계약하는 사업에 개입, 학교 선배가 근무하는 기업에 편의를 봐줬다는 의혹 등으로 내사설이 제기되고 있으나 이에 이 전 청장은 "기상청과 나를 둘러싼 근거 없는 논란과 의혹 등으로 스트레스를 받은 것은 사실이지만 기관장으로서 스트레스는 당연히 있는 것이다. 건강 이상 징후가 겹쳐 사임을 결정했다"고 설명했다.
또 기상청 산하기관의 인사·채용 비리와 산하기관 간부의 성희롱 의혹 등이 사퇴를 촉진시킨 것이 아니냐는 의혹도 나오고 있다.
기상청 차장 출신인 이일수 기상청장은 지난 3월 기상청장에 취임했다. 이 청장의 후임은 아직 결정되지 않았으며 조주영 기상청 차장이 업무 대행을 맡는다.
기상청장 사임 소식에 누리꾼들은 "기상청장 사임, 5개월 만에 무슨 일일까?" "기상청장 사임, 건강이 얼마나 안좋길래" 등의 반응을 보였다.